Sinopsis

El equipo del Blue Noah, un potente submarino de guerra y última esperanza de la humanidad, está en ruta hacia el Triángulo de las Bermudas donde se encuentra una base secreta en la que el submarino será transformado en una nave espacial con la suficiente capacidad para enfrentar la amenaza extraterrestre que, virtualmente, ha invadido a la Tierra.
El protagonista es Makoto, un muchacho que abordó al Blue Noah en cuanto se le presentó la oportunidad (de hecho, junto a unos pocos amigos, llegó abordo por medio de los ductos de las anclas). Makoto era el hijo del diseñador del Blue Noah, mientras que Kei, su novia, es la hija del comandante (Domond) de la nave.
El comandante muere durante el viaje y es substituido (obviamente) por Makot quien era el segundo a bordo (era el comandante del submarino Nova).
El Blue Noah, una vez que fue modificado en la base del Triángulo de las Bermudas, tenía la capacidad de viajar por el espacio. Sus otras características eran la de tener un "pequeño" submarino en su parte inferior, su parte superior (la cubierta) se abría para transformarse en un inmenso portaaviones, su parte posterior podía separarse en una especie de helicóptero.
Su armamento principal estaba constituido por un enorme cañón que tenía salida por la proa de la nave, y se mantenía cubierto por un par de compuertas. Este súper cañón disparaba el rayo "tractor" para asegurar el blanco, luego le seguía un inmenso disparo de rayo con un casi inimaginable poder destructivo.