Sinopsis
Doce años atrás, la Aldea Oculta de la Konoha fue atacada por el Zorro de Nueve Colas, Kyubi. Causó mucha destrucción y mató a numerosos ninjas de la aldea. El Kyubi fue finalmente vencido y sellado en el recién nacido Uzumaki Naruto por el ninja mas poderoso y a su vez líder de la aldea, el 4º Hokage. El 4º Hokage, debido al Nenjutsu utilizado, murio nada mas acabar la batalla. Sacrificó su vida y realizó su deber como Hokage de la aldea.

Uzumaki Naruto, ya con 12 años, comienza a hacer travesuras para llamar la atención de la gente ya que se siente muy distinto de los demás, ya que en su interior se encuentra sellado el Kyubi y toda la aldea lo ve como un monstruo que atacó la aldea, y Naruto se ha fijado el objetivo de llegar a ser el Hokage (líder de su aldea) para que la gente lo reconozca. Pero entonces encontrara en su profesor Iruka (que se sentía igual que Naruto cuando era pequeño) una amistad muy profunda.

Con el transcurrir de la historia iremos conociendo a los compañeros ninjas de Naruto, así como a los profesores y también una multitud de enemigos con los que tendrán que luchar y superar así innumerables pruebas...

Naruto Shippuuden es el nombre con que se conoce a la segunda parte de la historia de Naruto, el manga de Masashi Kishimoto. Esta denominación es la que se ha adoptado en el anime, y equivale a la segunda parte del manga.

La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entranando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.